2022년, 지구의 환경보전을 위한 수단으로 '인술'에서 가능성을 본 정부는 '닌자법'을 공표하여 전 국민에게 인술 수행의 의무를 내린다. 그렇게 세상은 '닌자 사회'가 되었다. 하지만, 모든 것은 악의 닌자 군단 '니지노헤비'의 음모였다. 세계정복을 노리는 니지노헤비에 맞서 전설의 닌자 가면라이더 시노비가 일어섰다.