배경은 미래. 인류는 '프로메테'라는 인류가 진출할 수 있는 별을 발견하고, 우주 파일럿들을 양성해 프로메테로 향하는 '프로메테 계획'이 시작된다. 그러나 도프라 박사라는 자가 "프로메테 계획은 실패할 것이다"라고 비웃으면서 초를 친다. 프로메테 계획의 우주 파일럿중에는 주인공 이치몬지 타쿠마의 아버지인 이치몬지 단테츠도 포함되어 있었고, 도프라 박사의 예언대로 우주선이 폭발하면서 프로메테 계획은 실패로 끝나버린다. 1차 프로메테 계획으로부터 10년 후, 2차 프로메테 계획이 진행되고 우주 파일럿 지망생인 타쿠마, 카나야, 쿠보는 프로메테 계획의 책임자 오에도 박사의 밑에서 실행 머신인 '새틀라이저'에 타기 위해 훈련을 한다. 그러던 중 갑자기 도프라 박사가 TV에 나타나 '프로메테는 선택받은 엘리트들만이 갈 수 있는 별'이라면서 전 지구의 엘리트들을 모아 군단을 결성, 프로메테 계획의 실행 머신인 새틀라이저를 노려 공격해오기 시작하는데...