2008년, 수수께끼의 세력의 출현으로 애니, 게임, 만화, 음악, 철도, 코스프레 등 수많은 오타쿠 문화를 제거당한 일본. 굿즈는 압수되었고 보호라는 명목하에 오타쿠들이 탄압받아도 사람들은 자아를 잃어버린 듯이 의문을 갖지 않았다. 질서 유지를 담당한 조직 'SSC'에게 유린당해 오타쿠는 멸종했다고 여겨졌다. 하지만 봉쇄된 아키바를 탈환하며 반기를 든 자들이 나타난다. 젊은 혁명가 '오타쿠 히어로' 무엇보다 오타쿠 문화를 사랑하며 누구보다 아키바를 사랑하는 남자. 그리고 그를 따르는 3명의 마법소녀들 '아나키', '블루', '핑크'. 2011년의 일본을 무대로 자유의 깃발 아래 모인 오타쿠들. 아키바 혁명군은 SSC의 수령 'SHOBON'과의 장렬한 싸움에 임한다. 혼돈도 질서도 파괴해서 좋아하는 것을 좋아하는 만큼 좋아한다고 말할 수 있는 세계를 위해. 자유의 깃발 아래 모인 오타쿠들이여 빼앗긴 문화를 되찾기 위해 OTAKU COUNTER CULTURE를 일으켜라! ...