코난이 된 고교생 명탐정 신이치. 시리즈 최초의 이야기가 시작된다! 바로 그 날, 코른, 키안티 등 검은 조직의 핵심 멤버가 트로피컬 랜드에 있었던 이유는? 사건 발생 후 APTX-4869의 개발자 쉐리가 신이치의 집에서 마주한 사실은 무엇이며 그동안 밝혀지지 않았던 진실의 조각들이 퍼즐처럼 맞춰지기 시작 하는데…