서기 2087년, 달에 세워진 군사독재국가인 기가노스 통일제국이 지구 연합에 일방적으로 독립을 선언하고 선전 포고를 한다. 전장이 점차 확대되어가는 가운데, 스페이스 콜로니 '알루카드'에 거주하고 있던 세 명의 소년들인 켄 와카바, 탑 오세아노, 라이트 뉴먼은 기가노스 군에 쫓기던 도중 우연히 신형 메탈 아머 'D병기'에 탑승해 추격군을 섬멸하게 된다. 그리고 D병기의 파일럿으로 등록되어버린 그들은 스스로의 의지와 관계없이 지구연합군[2]의 일원이 되어 기가노스 군과의 기나긴 싸움을 시작하게 되는데...