신도시 아야나기시, 10년 전부터 도쿄의 친척에게 맡겨진 칸자토 신과 칸자토 준은 형이 경찰서장으로 있는 칸자토 료가 있는 집으로 돌아온다. 아야나기시에는 괴기 사건이 발생하고 있었다. 토야마 만의 잠수정에서는 승무원이 자취를 감추고, 시내에는 10년 만에 무기력증을 보이는 사람들이 나타나고, 수 명의 학생이 피부가 뒤집어진 상태의 시체가 되어 발견되었다. 아야나기 시의 경찰서장인 칸자토 료는 "페르소나"를 무기로 비밀리에 사건을 벌이는 조직을 쫓는다. 이어 주인공인 칸자토 신과 동료들도 사건에 말려 들어가는 가운데 "페르소나"를 발현시킨다.