아내와 아들을 닌자에게 잃고 본인 또한 죽음을 당할 뻔했던 사라리맨 ‘후지키도 켄지’. 그에게 수수께끼의 닌자 소울 ‘나라쿠 닌자’가 빙의되면서, 나라쿠가 품은 살인(殺忍) 갈망과 후지키도의 복수심이 융합되어 닌자를 죽이는 가공할 닌자 ‘닌자 슬레이어’가 탄생한다. 그렇게 무적의 닌자가 된 후지키도 켄지는 닌자를 찾아 하나씩 제거하는데……!!