한때 거대한 외계인과의 성간 전쟁으로 멸망의 위기에 처한 지구 인류는 생존을 위해 은하의 각 방면으로 여행을 떠나 간다. 그리고 2059 년. 초장 거리 이민 선단 에는 신 통합군에 의한 전투함과 일체화 된 거주 함을 중심으로 1000 만 명 이상이 살고있는 초장거리 이민 선단 「마크로스 프론티어」는 은하의 중심부를 항해하고 있었는데...