GBA(게임보이 어드밴스)에서 출시된 게임이 애니메이션화! 현재보다 조금 더 먼 미래. 사람들은 고도로 전자화된 사회에서 살고 있었다. 모든 사람이 'PET'라고 불리는 휴대용 단말기를 소지하고 있었고, 그 안에 내장된 가상의 인격형 프로그램 '넷 내비'를 통해 일상 생활의 대부분을 네트워크를 통해 해결하고 있었다. 한편, 네트워크 범죄는 증가했으며, 그 중에서도 네트워크 범죄 집단 WWW(월드 스리)가 퍼뜨리는 바이러스는 사람들의 삶을 위협하고 있었다. 어느 날, 히카리 네토에게 아버지가 보낸 한 장의 CD-ROM. 그 안에는 록맨이라는 넷 내비가 프로그램되어 있었다. 처음에는 록맨에 당황하던 네토였지만, 파트너로서 함께 성장해 나가게 된다. 록맨에 숨겨진 힘, 네토의 천부적인 바이러스 버스팅 능력. 그리고 두 사람의 단단히 결속된 우정이, 네트워크에 숨은 어둠을 밝혀나간다!