근미래의 마을, 하트랜드 시티에서는 어른도 아이도 AR 듀얼에 열중하고 있다. AR 듀얼이란, 「D-게이저」와 「D-패드」를 사용하는 듀얼로, 이 2가지를 사용하는 것으로, 지면에서, 하늘에서, 그리고 건물에서 몬스터가 현실에 튀어나와 맞부딪치는, 무지막지 박력 넘치는 듀얼! 이 마을에 사는 주인공 츠쿠모 유마도 이 듀얼에 열중하고 있지만, 실력은 초심자 레벨의 연전연패 챔피언. 어느 사건을 계기로, 학교 제일의 불량배 료가와 듀얼로 승부를 내게 된 유마. 이 듀얼이, 유마의 운명을 크게 바꿔놓는다...! 이 결투 중, 항상 유마의 꿈에 나오는 불길한 문이 돌연 나타난다. 굳게 닫혀 있던 문이 개방된 순간, 무수한 빛이 넘쳐 나와, 놀라서 옆을 올려다보니... 거기에는 이세계에서 온 수수께끼의 생명체 아스트랄이 서 있었다! 아스트랄의 잃어버린 기억, 99장의 넘버즈 카드를 되찾기 위해, 둘은 함께 행동하기로 한다. 아스트랄이 나타난 진정한 이유란? 그리고, 새로운 몬스터 「넘버즈 몬스터」의 존재는 도대체 무엇이란 말인가? 계속해서 유마의 앞에 나타나는 강력한 라이벌, 그리고 밝혀져가는 아스트랄의 수수께끼. 이 콤비에 의한 새로운 듀얼의 전설이 지금, 막을 연다!!