세계 각국에서는 바다의 평화를 지키기 위해 저마다의 정예 함선들을 모아 'PKN'이라는 다국적 해양 군사 조직을 만들게 되었다. 그러나 세계 정복을 꾀하는 정체불명의 조직 USR이 PKN의 결성식에 기습 공격을 해 온다. USR의 레드 제독이 이끄는 잠수함 UX 앞에서 이렇다 할 힘을 쓰지 못하고 무너지던 PKN이었지만, 일본의 구식 잠수함 707호의 하야미 함장의 결사적인 투쟁 덕분에 간신히 위기를 극복하게 된다. 1년 후 형체를 알아볼 수 없을 정도로 파손된 707호를 대신하여 새로이 건조된 707II호가 결전을 앞두고 출항한다. 이전에 연습생이었던 켄지, 고로, 센타 등의 소년들도 정식 승무원으로 항해에 참가한다. PKN 진영은 미국이 자랑하는 최신함 그레이트 가디언을 중심으로 작전을 세우지만, USR 함대의 격렬한 공격에 PKN 함대는 전멸하고 만다. 그곳에 도착한 새로운 707호. 레드는 707을 확인하자 숙적과의 재회에 기뻐하며 맹공을 퍼붓기 시작하는데...