거대운석 타나토스가 지구로 접근하면서 인류를 위협한다. 그런 타나토스의 위협에 대항하기 위하여 ISDA라는 조직이 출범하고, D 프로젝트 계획이 발동된다. D 프로젝트란 드래곤을 이용한 생체병기 드래고너트를 이용하여 타나토스를 파괴한다는 계획이다. 2년전 사고로 가족을 잃고 홀로 남겨진 주인공 카미시나 진. 어느 날 정체불명의 존재에 의해 목숨을 위협받다가 토아라는 소녀가 나타나 그를 구해주었다. 이 소녀를 만난 이후로 진은 D 프로젝트에 휘말리게 되는데...