닌자는 그림자 속에서 악을 섬멸한다. 극도는 사회에서 따돌림당하는 고독한 이들을 모아 범죄를 저지른다. 몇 세기 전 둘 사이에 싹튼 원한이 현대에 되살아난다. 닌자 시노하는 회사원으로 위장한 극도 키와미를 만난다. 서로의 정체를 모른 채, 두 사람은 애니메이션을 통해 우정을 쌓지만, 닌자와 극도 사이 전쟁은 더욱 치열해진다. 닌자와 극도, 어느 쪽이 살아남을까, 숨통이 끊어질까?