서기 2029년, 기업 네트워크가 지구를 뒤덮고 전자와 빛이 빠르게 오가지만 국가와 민족의 개념은 아직 남아 있는 정보화되지 않은 근미래 일본. 전신의체 사이보그, 쿠사나기 모토코는 정예 부대를 이끌며 범죄를 사전에 방지할 특수부대 설립을 구상한다. 같은 생각을 하던 내무성의 아라마키 다이스케는 쿠사나기 팀을 스카우트해 공성 조직 공안 9과, '공각기동대'로 활동을 시작한다. 국가 간의 음모가 소용돌이치는 전뇌 범죄에 맞서 싸우던 중 한 사건의 수사 과정에서 정체불명의 해커 '인형사'의 존재가 드러난다. 쿠사나기를 기다리는 운명, 그리고 인형사의 목적은 무엇인가. 새로운 시대의 사이버펑크 액션이 시작된다!