미국 미주리주의 시골 마을에 사는 소년 찰리는 인간을 능가하는 지능과 침팬지를 능가하는 신체 능력을 겸비한 절반은 인간, 절반은 침팬지인 '휴먼지'다. 15살이 된 찰리는 인간 양부모의 권유로 처음 입학한 학교에서 두뇌는 명석하지만 소통 능력이 부족한 루시를 만난다. 하지만 평화로운 학교생활도 잠시, 특이한 출생 때문에 '동물 해방'을 표방하는 테러 조직 ALA의 표적이 되고 만 찰리는 가족과 루시를 지키기 위해 ALA와의 대결을 택한다. 테러, 차별, 인권, 논란 등 인간이 안고 있는 문제에 인간이 아닌 찰리가 루시와 함께 맞선다.