세계 최고봉 탐정 양성학교 BLUE에는 과거 유례없는 재능으로 장래가 유망했던 한 천재가 있었다. BLUE 개교 이래의 천재라는 속삭임을 받았던 카모노하시 론은 재학 중인 한 사건을 계기로써 탐정으로서 치명적인 "결함"을 안은 것으로, BLUE에서 추방당하고 "탐정"이 금지된다. 그로부터 5년 후. 실의에 빠져 지루한 나날을 보내는 론에게, 경시청 수사1과 형사 잇시키 토토마루가 연쇄살인사건의 협조를 구하러 찾아오면서 멈춰있던 론의 시간이 다시 움직이기 시작한다. 론의 고뇌를 알고 친절한 마음으로 서포트를 신청하는 "퓨어한 마누케[2]" 잇시키 토토마루. 그런 그를 론은 "토토"라고 부르며 둘이서의 수사에 무한한 가능성을 느끼자, 토토를 자신의 파트너로 지명한다. 수수께끼를 푸는 론과 수사에 움직이는 토토. 약간의 하자가 있는 요철 탐정 콤비가 미스터리한 사건을 화려하게 해결해 나간다...!!