2008년 7월, 지구에서 핵무기를 능가하는 초자력무기를 이용한 대규모 전쟁이 일어나 5개의 대륙 대다수가 바다에 가라앉고 문명도 멸망해 인류는 소수만이 살아남는다. 그 중 일부가 우주선으로 지구를 탈출하려다가, 선체가 망가져 비행능력이 상실되어, 다시 지구로 떨어져 '홀로 남은 섬'에 불시착하게 된다. '홀로 남은 섬'에 정착한 이후 태어난 아이가 '코난'이며, 시간이 흘러 한명씩 죽고 결국 혼자 남은 할아버지가 코난을 키우며 함께 평화롭게 살아가고 있었다. 그러던 어느 날, 바다에서 낯선 소녀 '라나'가 떠내려 온다.