진구와 도라에몽은 비밀 도구 “가공수면펌프”가 만든 ‘가공수’로 동네를 바다로 만들어 버리고, 물고기들과 함께 즐거운 시간을 보낸다. 그 곳에 우연히 5천년 전 지구로 온 인어족 공주 소피아가 길을 잃고 들어오게 되면서, 진구 일행은 소피아 공주와 함께 즐거운 바다 속 여행을 떠나는데…