어느 지방 도시 미타키하라시에 사는 카나메 마도카는 조금 소극적이지만 어디에나 있는 여자 중학생. 하지만 "마법소녀"가 된 마녀와 싸우는 소녀들이 존재한다는 것을 알게 되고, 그 싸움에 자신도 휘말린다. 마법소녀들이 다치고 쓰러져 가는 모습을 비관한 그녀는, 큐베에게 「모든 마녀를 태어나기 전에 없애고 싶다」라고 빈다. 이리하여 마도카는 「원환의 이치」라고 불리는 초상적인 개념이 되었고, 그 힘에 의해 세계는 마녀가 존재하지 않는 곳으로 다시 만들어졌다. 아케미 호무라는 마도카의 마지막 의지를 가슴에 품고, 마녀를 대체하여 창궐하게 된 「마수」들과 계속 싸울 것을 맹세한다.