2203년, 물의 혹성 아쿠아리어스가 지구로 접근하고 있고 은하계 중심부에서는 이상 현상이 감지된다. 급습하는 수수께끼의 함대에 맞선 지금, 우주전함 야마토의 마지막 싸움이 시작된다!