우주세기 0087년, 지구권에서 일어난 전란은 혼선에 혼선을 거듭해 가고 있었다. 연방군의 엘리트 조직인 티탄즈와 반(反) 지구연방조직인 에우고(A.E.U.G)의 내전이 한창이던 시기, 에우고를 지휘하는 입장에 서게 된 크와트로(샤아)와 티탄즈를 자신의 것으로 만들고자 하는 '목성에서 귀환한 남자' 시로코, 그리고 자비가문을 부흥시키려는 지온군의 잔당 액시즈의 지도자 하만 칸이 그 속에 있었다. 세 개로 분리된 세력은 지구권역의 패권을 둘러싸고 각자의 이익을 위해 정치적 또는 전투적으로 고도의 전략을 펼치고 있었다. 그러는 사이 전황은 거대 레이저포로 개조된 스페이스콜로니 그리프스2를 둘러싼 최종국면으로 접어든다. 전장에서는 사람들의 애정과 증오가 교차하고 있었다. 에우고를 떠나 시로코의 수하가 된 레코아. 시로코를 따르고 있지만 에우고의 카뮤 일행을 동경하는 소녀 사라. 여러가지로 교차되는 사람들의 감정을 받아들이면서 Z건담은 혼란스러운 전장을 날아오르고, 드디어 카뮤는 알게 된다. 자신이 정말로 쓰러뜨려야 할 사람이 누구인지, 전란의 불씨를 잠재울 수 있는 방법은 무엇인지를... 전란의 끝에서 진실을 알게 된 카미유를 기다리고 있는 운명은 과연 무엇인가!?