제 2차 세계대전, 폴란드 바르샤바에서 남편과 함께 동물원을 운영하던 안토니나는 독일의 유대인 학살이 심해지자 그들을 비밀리에 빼내어 동물원에 숨겨주기 시작한다. 사라져가는 동물들, 그 곳에 채워지는 유대인들, 그리고 매일 아침 찾아오는 독일군들. 그녀는 목숨을 위협하는 감시 속에서도 이 특별한 비밀작전을 포기하지 않는데…