메구레 경부, 란의 엄마인 키사키 에리 변호사, 아가사 박사가 동일인으로 추정되는 범인에게 습격을 당한다. 피해자들이 모두 모리 코고로 탐정과 관련이 있다는 것과 범인이 현장에 남긴 트럼프 카드가 유일한 단서. 모리 코고로 탐정이 과거 형사 시절에 체포했던 전직 카드 딜러 출신의 살인범 무라카미 죠가 용의선상에 오른다. 코난은 범인이 남긴 트럼프 카드에서 습격당한 3명의 이름 속 공통점을 찾아내고, 끝나지 않은 연쇄 살인 게임을 막기 위해 범인의 다음 표적들의 행선지인 수중 레스토랑 ‘아쿠아 크리스탈’로 항한다. 코난 일행과 모리 코고로 탐정, 그리고 범인의 타깃들이 모두 완벽한 수중 밀실 시설 ‘아쿠아 크리스탈’에 모이게 되는데…