가이아 메모리와 코어메달로부터 공포의 거대 에너지체가 등장. 가면라이더 코어(C)라 자칭하게 된다. 그 힘을 막기 위해 2명의 라이더는 지구 깊숙한 중심 속의 「기억의 샘의 결정」으로 향한다. 한편, 테루이 류는 아키코를 지키기 위해 가면라이더 액셀(A)이 되어 프테라노돈야미에 맞선다!