1999년, 대특수생물자위대 일명 특생자위대는 상륙한 고질라를 레이저포로 처치하려 하지만, 완패 당한다. 그러던 중 이에시로 아카네는 자신의 실수로 상관인 하야마가 죽자 변명도 하지 않고 자료과로의 이동을 감수한다. 한편, 정부는 고질라 살상용 병기 개발에 착수한다. 그리고 각계의 전문가들을 모아 1954년에 사망한 고질라의 뼈를 바탕으로 생체 로봇 제조에 들어간다. 그리고, 2003년 생체로봇 3호 기룡이 완성되자 특생자위대 안에 기룡대가 결성된다. 그중에는 3년간 묵묵히 신체를 단련해 온 이애시로 아카네의 모습도 있다…3호기룡, 일명 메가고질라와 고질라의 싸움을 특수촬영을 구사하여 박력있게 그리고 있다. 메가고질라의 조종사인 과묵한 여주인공을 맡은 사쿠 유미코의 터프한 모습도 인상깊다.