17세기 초, 아메리카 대륙에 발을 내디딘 영국의 탐험가이자 군인인 존 스미스(콜린 파렐)는 인디언 공동체에는 자신들의 문명이 전혀 가지고 있지 못한 사랑과 덕목이 남아 있다고 생각한다. 인디언 포와탄 족의 공주 포카혼타스(코리엔카 킬셔)와 운명적으로 만나 사랑에 빠지게 된 스미스. 그러나 인디언들이 자신들의 땅에서 떠나지 않는 영국인들을 공격하기 시작하자, 스미스는 왕의 명령으로 영국으로 소환되기에 이른다. 그 사실을 모르는 포카혼타스는 스미스가 죽었다고 여기고, 결국 지속적인 청혼을 해오던 부유한 청년 실업가 존 롤프(크리스찬 베일)와 결혼하게 되는데...